Faso Coton commercialise du coton fibre (dont 91% du tonnage est exporté), de la graine de coton (pour les besoins des huileries, de la confection d’aliments pour bétails et des semences) et des déchets issus de ces  divers traitements.

Les activités d’égrenage de coton graine sont réalisées dans l’usine d’égrenage de Ouagadougou dont le principe consiste à séparer la fibre de la graine à l’aide d’égreneuse à scies. La fibre est ensuite nettoyée et préparée par un processus mécanique avant d’être compressée en balles de 220 kg.